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高雄市東區稅捐稽徵處表示：經法院拍賣土地之價款，若已扣繳土地增值稅，嗣後如該拍賣土地因申請適用減免、或自用住宅用地稅率、或不課徵土地增值稅，以致有應退還之稅款時，稅捐稽徵機關將交由執行法院重行分配給債權人，不會逕行退稅給納稅義務人（即債務人）。
如果土地被法院拍賣，符合適用自用住宅用地按優惠稅率計徵土地增值稅，或農業用地適用不課徵土地增值稅等要件者，應於收到稅捐稽徵機關通知函之次日起30日內檢附相關證明資料提出申請，經核定後若有退稅款項，因係於拍賣價款中扣繳，須交由執行法院重新分配，所以在選擇適用自用住宅用地稅率或不課徵土地增值稅時應審慎評估。
稅處特別提醒，經法院拍賣土地，原則上土地增值稅會優先從拍賣價款中扣繳，債務人無須再繳納，但如果拍賣價款不足以扣繳土地增值稅時，拍定人必須代為繳清差額後，才能取得權利移轉證明書。
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